厭氧過程比好氧過程對溫度變化,尤其是對低溫更加敏感的原因,是因為將乙酸轉化為甲烷的甲烷菌比產乙酸菌對溫度更加敏感。低溫時揮發酸濃度增加,就是因為產酸菌的代謝速率受溫度的影響比甲烷菌受到的影響小。低溫時VFA濃度的迅速增加可能會使VFA在系統中累積,最終超過系統的緩沖能力,導致pH值的急劇下降,從而嚴重影響厭氧工藝的正常運行和最大處理能力的發揮。

當好氧溫度為20℃、厭氧溫度為35℃時,生物體與100mg/L的基質接觸,代謝速率分別為最大速率的80%和60%，而當好氧溫度為10℃、厭氧溫度為25℃時,生物體與100mg/L的基質接觸,代謝速率分別為最大速率的30%和5%,而其主要原因是在低溫條件下,產酸菌產生揮發酸快于甲烷菌將揮發酸轉化為甲烷而使厭氧共同體的代謝失去了平衡。